Barkiyaruq sinh ra vào năm 1079 hoặc 1080,[2] ông là người con trai lớn nhất của Malik Shah I [3] và một công chúa Seljuq. Ông có năm người em là Mahmud I, Ahmed Sanjar và Mehmed I, Dawud và Ahmad.

Suốt thời niên thiếu của mình, việc kế vị ngai vị Sultan Seljuk trở nên phức tạp sau cái chết của hai người em cùng cha khác mẹ của ông: Dawud (mất năm 1082) và Ahmad (mất năm 1088), cả hai đều là con của công chúa Kara-Khanid Đồ Nhĩ Khảm Khả đôn (Turkan Khatun). Ngoài ra, bà cũng có một người con trai tên là Mahmud (sinh năm 1087) - người mà bà muốn sẽ trở thành người kế vị Malik Shah, trong khi tể tướng Nizam al-Mulk và hầu hết tướng sĩ nhà Seljuk đều ủng hộ Barkiyaruq lên ngôi.[4] Gặp trở ngại, Turkan Khatun liên minh với Taj al-Mulk Abu'l Ghana'im nhằm cố gắng loại bỏ Nizam. Kết quả, Nizam bị ám sát năm 1092, khiến Barkiyaruq mất đi một người ủng hộ mạnh mẽ. Cha của Barkiyaruq chết cuối cùng vài tháng sau đó. Sau đó, Turkhan Khatun nhân cái chết của chồng, cùng với sự hỗ trợ của Taj al-Mulk, đã đưa đưa con trai 4 tuổi của mình là Mahmud I lên ngôi, trong khi Barkiyaruq được tuyên bố là Sultan của Seljuk ở thành Ray bởi phe cánh của cựu tể tướng Nizam al-Mulk.